Kabupaten Nunukan adalah salah satu kabupaten di provinsi Kalimantan Timur, Indonesia. Ibu kota kabupaten ini terletak di kota Nunukan. Kabupaten ini memiliki luas wilayah 14.493 km² dan berpenduduk sebanyak 109.527 jiwa (2004). Motto Kabupaten Nunukan adalah "Penekindidebaya" yang artinya "Membangun Daerah" yang berasal dari bahasa suku Tidung. Nunukan juga adalah nama sebuah kecamatan di Kabupaten Nunukan, Provinsi Kalimantan Timur, Indonesia.
Pada tahun 2003 terjadi tragedi kemanusiaan besar-besaran di Nunukan ketika para pekerja gelap asal Indonesia yang bekerja di Malaysia dideportasi kembali ke Indonesia lewat Nunukan.
Pelabuhan Nunukan merupakan pelabuhan lintas dengan kota Tawau, Malaysia. Bagi penduduk kota Nunukan yang hendak pergi ke Tawau diperlkan dokumen PLB (Pas Lintas Batas). Setiap hari rata-rata sekitar 8 unit kapal cepat dengan kapasitas kurang lebih 100 orang mondar-mandir antar Nunukan dengan Tawau Malaysia.
Di Kota Tawau sendiri banyak sekali orang Indonesia (baik WNI/ atau warga Malaysia) yang berasal dari Indonesia terutama dari suku bangsa Bugis Bone.
Sejarah terbentuknya kabupaten
Kabupaten Nunukan merupakan wilayah pemekaran dari Kabupaten Bulungan, yang terbentuk berdasarkan pertimbangan luas wilyah, peningkatan pembangunan, dan peningkatan pelayanan kepada masyarakat. Pemekaran Kabupaten bulungan ini di pelopori oleh RA Besing yang pada saat itu menjabat sebagai Bupati Bulungan.
Pada tahun 1999, pemerintah pusat memberlakukan otonomi daerah dengan didasari Undang-Undang Nomor 22 tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah. Nah, dgn dasar inilah dilakukan pemekaran pada Kabupaten Bulungan menjadi 2 kabupaten baru lainnya yaitu Kabupaten Nunukan dan kabupaten Malinau.
Pemekaran Kabupaten ini secara hukum diatur dalam UU Nomor 47 Tahun 1999 tentang Pembentukan Kabupaten Nunukan, Kabupaten Malinau, Kabupaten Kutai Timur, Kabupaten Kutai Barat, dan Kota Bontang pada tanggal 4 Oktober 1999. Dan dengan dasar UU Nomor 47 tahun 1999 tersebut Nunukan Resmi menjadi Kabupaten dengan dibantu 5 wilayah administratif yakni Kecamatan Lumbis, Sembakung, Nunukan, Sebatik dan Krayan.
Pemekaran kabupaten
Pada tanggal 17 Juli 2007, dalam Sidang Paripurna DPR RI telah disetujui pembentukan kabupaten baru yaitu Kabupaten Tana Tidung, yang merupakan pemekaran dari wilayah Nunukan dan Bulungan. Dari Nunukan, kecamatan Sembakung dipindahkan menjadi wilayah kabupaten baru tersebut, sedangkan dari Bulungan, dipindahkan tiga kecamatan, yaitu Sesayap, Sesayap Hilir dan Tanah Lia.
Pejabat Kabupaten
Seiring dengan pembentukan ini dilakukan pulah pelantikan pejabat Bupati Nunukan yaitu Drs. Bustaman Arham, tepatnya pada tanggal 12 Oktober 1999 di Jakarta. Setelah pelantikan Bupati Nunukan, dilakukan persiapan penataan perangkat daerah dan pembentukan Dewan perwakilan Rakyat Daerah (DPRD) juga disiapkan.
Tanggal 25 Desember 1999, dilantik 14 orang pejabat pada eselon II, III, IV untuk mengisi jabatan struktural. Tiga hari setelah pelantikan jabatan struktural tepatnya tanggal 28 Desember 1999 dilanjutkan dengan pelantikan 20 orang anggota Legislatif Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kabupaten Nunukan hasil Pemilihan Umum tahun 1999. Para Legislator tersebut berasal dari Partai Golkar, PDIP, PPP dan PAN.
Pemilihan Bupati
Meskipun masih dihadapkan berbagai hambatan infrastruktur dan suprastruktur, pemerintahan di Kabupaten Nunukan sudah mulai berjalan secara normal. Kesempatan ini dipergunakan oleh pemerintah daerah untuk melakukan pemilihan bupati definitif melalui sidang paripurnah DPRD. Tepatnya pada tanggal 11 April 2001.
Pada kesempatan tersebut muncul 3 pasangan calon, antara lain Pasangan Drs.H. Bustaman Arham – H. Ali Karim, Drs.H. Aseng Gusti Nuch – H. Arsyad Talib, SE serta H. Abdul Hafid Ahmad – Drs. Kasmir Foret, MM. Dari 3 pasangan yang maju tersebut, terpilihlah pasangan H. Abdul Hafid Ahmad – Drs. Kasmir Foret, MM sebagai bupati dan Wakil Bupati Nunukan Periode 2001 – 2006. Dan Pasangan ini di lantik pada tanggal 30 Mei 2001.